Al año siguiente comienza un acercamiento a Alternativa Ecologista de Catalunya (AEC), hasta que en 1993 ambas formaciones convergen en Els Verds-Confederació Ecologista de Catalunya (EV-CEC).
Debido a la fuerte disgregación del voto verde y al sistema electoral español, que evitaron que Los Verdes obtuvieran representación en el Congreso, la organización hizo un cambio de estrategia, tratando de buscar acuerdos con otras formaciones (como el Partido Socialista Obrero Español o con Izquierda Unida) para formar listas conjuntas.
También obtuvo un senador (Álvaro Martínez Sevilla) entre 1994 y 1996 por designación autonómica del Parlamento de Andalucía.
Una de las comunidades donde Los Verdes siempre mantuvieron mayor peso fue en las Islas Baleares.
[8] Los discretos resultados electorales hicieron que sus miembros abandonaran el proyecto a los pocos años.
No obstante, la estrategia fue controvertida y provocó nuevas escisiones dentro del partido; aun así, este acuerdo se rompió en 2007, tomando la decisión de presentarse en solitario a las próximas elecciones.
Tras esta cita electoral, se celebró en Fuenterrabía un reunión 15 asambleas territoriales y 50 militantes en la cual se suscribió la Declaración de Hondarribia, con el objetivo de constituir una organización autónoma sin formar alianzas con partidos mayoritarios como hasta entonces.
A la par, el Partido Verde Europeo (PVE) se marcó en octubre de 2009 el objetivo de dar impulso a los partidos verdes de aquellos países con gran población y escasa fuerza electoral, como España, Italia o Polonia,[16] durante la celebración del XI Consejo del PVE.
Sin embargo LV-GV lo hizo en solitario, para poco después romper su alianza con IU en la Comunidad de Madrid alegando que esta había incumplido los acuerdos electorales.
[22] La divergencia entre la Confederación (en la que sólo permanecieron activos Els Verds-Opció Verda, Gira Madrid-Los Verdes y Els Verds del País Valencià) y Equo se acentuaron al afrontar las elecciones generales de 2011.
Mientras que la Confederación y sus tres partidos se presentaban dentro de La Izquierda Plural, Equo lo hacía en solitario o coaligado pequeñas formaciones de izquierda nacionalista (Compromís, PSM-Entesa Nacionalista, Entesa per Mallorca, Alternativa Sí Se Puede, Socialistas por Tenerife).
También se produjeron movimientos de Equo y la Confederación respecto al Partido Verde Europeo.
Mientras que éste mostraba un apoyo explícito a Equo en el congreso realizado en París en noviembre de 2011,[33] la Confederación trataba en dicho congreso de conseguir que la resolución fuese abandonada y se mostrase apoyo en su lugar a la coalición electoral con Izquierda Unida.
[35] En respuesta, organizaciones de Equo afirmaron que el Partido Verde Europeo se había dirigido a Els Verds del País Valencià para pedirles que se unieran a Equo, y que éste planeaba expulsar a la Confederación en un breve plazo.
Según éste, la Confederación "no cumple los requisitos mínimos de democracia interna", al ser "una estructura vacía".
[37][4] Ante estos hechos, la Confederación anunció que impugnaría la decisión con una carta al PVE en la que acusaba a éste de promover "la división del voto apoyando a un partido que no es todavía miembro del PVE" (refiriéndose a Equo), "y consiguió como único resultado un diputado nacionalista defensor de los trasvases y de los toros" (Joan Baldoví, militante del Bloc elegido en la lista de Compromís-Equo), en tanto que Izquierda Unida, en coalición con la Confederación de Los Verdes, había conseguido "11 diputados, lo que significa el mejor avance electoral jamás hecho".