Fausto Alvarado decidió incursionar en la política cuando militó en el partido Solidaridad y Democracia, del que luego fue presidente desde 1988 hasta 1994.

En 1994 renunció a su partido y se afilió al Frente Independiente Moralizador liderado por Fernando Olivera, donde luego postularía al Congreso de la República en las elecciones parlamentarias de 1995 y en las elecciones del año 2000, en ambas ocasiones sin éxito.

Como miembro del FIM, Alvarado participó en la conferencia de prensa liderada por Fernando Olivera, Luis Iberico y Susana Higuchi donde difundirían a nivel nacional los Vladivideos, grabaciones donde se apreciaba al entonces asesor presidencial Vladimiro Montesinos sobornando a un congresista de la oposición.

[8]​ También destaca en su gestión la liberación a personas acusadas sin pruebas por el gobierno fujimorista del delito de terrorismo.

[9]​ Culminando su gestión de congresista, intentó su reelección en las elecciones parlamentarias del 2006, sin embargo, el partido no pasó la valla electoral tras obtener una baja votación.

Fue voceado como candidato a la Denfesoría del Pueblo donde luego terminaría rechazando la candidatura.