El resto del espacio, tradicionalmente dedicado a la agricultura cerealista, desde mediados del siglo XX se cubrió de fábricas, polígonos industriales, edificios dedicados al sector servicios y una tupida red de carreteras (A-2, M-100, M-300, R-2, etc).
[3] El río Henares fluye sereno de este a oeste, como frontera natural entre La Campiña y la Alcarria.
Sus nidos asientan en numerosos edificios, para protegerlos la ciudad cuenta con una ordenanza municipal específica, y se ha establecido una "ruta de las cigüeñas" para contemplarlas sin causarles molestias.
[17] Entre las aves (sedentarias, estivales o invernantes) hay un gran número de golondrinas, gorriones, palomas, patos y vencejos.
Otras habitantes habituales del término municipal de Alcalá de Henares son: aguilucho cenizo, búhos, carraca europea, cernícalo primilla, cigüeña blanca, focha, gallineta, halcón peregrino, lechuzas, martín pescador, milanos, mochuelo europeo y perdiz común.
Las causas son el hambre, la electrocución, los choques contra los tendidos y la caza humana o por otras aves.
En las orillas del río crecen bosques en galería o de ribera o soto, destacando por su amplitud y variedad el Soto del Henares, compuesto de álamos blancos, sauces, chopos y tarayes, junto con una tupida masa arbustiva.[28].
Sin embargo, los Cerros sufrieron una gran deforestación, siendo repoblados parcialmente a mediados del siglo XX con pino carrasco ofreciendo, así, una nueva cobertura forestal.
También presenta una masa arbolada compuesta por pino piñonero, encina, coscoja o carrasca y almendro.
Hay que tener cuidado con plantas venenosas como la cicuta, los pepinillos del diablo o la Efedra fina.
Las especies arbóreas más comunes son: Amygdalus communis, pino carrasco Pinus halepensis, Pinus pinea, Quercus coccifera, álamos (o chopos) blancos, fresnos, encinas, olmos, sauces y taráis[32] Los árboles singulares son aquellos, silvestres o plantados, con características específicas relacionadas con su antigüedad, porte o historial individual, que les hace acreedores de reconocimiento público por las instituciones oficiales.
Las plantas herbáceas no presentan órganos leñosos permanentes, los tallos son verdes, y mueren generalmente al acabar el ciclo estacional, siendo sustituidos por otros nuevos si la hierba es vivaz.