Decidió seguir cursos por correspondencia y regresó a Hollywood, donde se hizo cada vez más conocida como actriz.

En 1992, fue galardonada con un Independent Spirit Award a la mejor actriz por su interpretación en la película de Allison Anders Gas Food Lodging.

En 2007 se le dedicó el documental Return to Oz: The Joy That Got Away.

[11]​Además, participó en el videoclip de la canción Natural Blues, del cantante Moby, donde aparece como su novia.

Se pidió a los artistas que eligieran una canción y crearan arte inspirado en ella.

La ecléctica mezcla de canciones elegidas se presentó para su descarga digital en iTunes.

En 2017, la banda de marionetas emo Fragile Rock interpretó una canción titulada «Fairuza Balk» en su NPR Tiny Desk Concert.

Ha tenido relaciones amorosas con el actor inglés David Thewlis, que compartió cartel con ella en La isla del doctor Moreau, y con C. M. Talkington, director y escritor de la película de culto Love and a .45.