Su lugar en la historia se debe enteramente a la oposición que ofreció a la condena, por el edicto de Justiniano en 543 o 544, por la Controversia de los Tres Capítulos.
Facundus estaba en Constantinopla cuando se pronunció esta censura, y poco después de su publicación, él y varios otros obispos occidentales se negaron a suscribir el decreto, alegando que se trataba de un ataque al Concilio de Calcedonia, que había aceptado al menos la carta de Ibas al persa Maris.
Facundo también redactó un memorial en protesta, pero la llegada del papa Vigilio le impidió presentarlo.
La conducta del pontífice y su aquiescencia en la condenación de la «Controversia de los Tres Capítulos» impulsó a Facundo a completar esta obra, que tituló Pro Defensione Trium Capitulorum.
Este cisma duró muchos años, y durante ese tiempo Facundo escribió otras dos obras a petición de sus compañeros obispos, en respuesta a los reproches de insubordinación, la Liber contra Mocianum Scholasticum y Epistola Fidei Catholicae in defensione trium capitulorum.