Hijo del prestigioso profesor de física nuclear Jorge Luis Agudin, Facundo Agudin concurrió al Collegium Musicum de Buenos Aires y al Camping Musical Bariloche, se gradúa como director de orquesta en la UCA Universidad Católica Argentina donde fue alumno de Roberto Caamaño, perfeccionándose en la Schola Cantorum Basiliensis donde estudia canto con Dennis Hall y Jeanne Roth.
Director de Musique des Lumières (MDL), de la Orquesta Sinfónica del Jura y de la Compañía Opera Oblicua, conjunto de su creación.
Ha dirigido la Orquesta de Kislovodsk (2007), OSB Orchestre Symphonique Bienne (2007-2008), Czech-Philharmonic - Festival Prague Premières (2008), Orquesta Filarmónica de Buenos Aires (Teatro Colón, 2008 y 2009) y la Ópera de Armenia, orquesta CRT Torino, Sinfónica Aosta, Orchestra Classica Italiana, Basel Sinfonietta y otras.
Ha dirigido las óperas Don Giovanni, Le Nozze di Figaro, Die Zauberflöte ; la premier mundial de 1 Der schwarze Mozart de Andreas Pflüger,[1] el Requiem de Christian Favre (Buenos Aires) y el doble Concierto para bandoneón y cembalo de A. Pflüger.
En 2006, Agudin fue laureado con el Prix Culturel Interjurassien de los cantones de Jura y Berna.