Las primeras facultades de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos fueron: Teología, Artes (Artes Liberales), Leyes y Jurisprudencia (Derecho).
La facultad de Medicina humana fue agregada algunos años después durante la época colonial.
La Facultad de Ciencias Naturales y la Facultad de Economía y Comercio fueron creadas aún después durante la mitad del siglo XIX.
Durante la mitad de la década de 1990, la universidad reagrupó sus facultades en escuelas académico-profesionales y englobó a todas en cuatro bloques académicos (más tarde serían seis áreas académicas); sin embargo, aún conservan su título de facultad.
Actualmente la universidad agrupa a sus facultades en 5 áreas académicas: