Desde su creación hasta la actualidad, la Facultad ha sufrido una serie de cambios en su estructura orgánica.

En 1850 se funda la Facultad de Farmacia y Ciencias Naturales.

En 1961 inaugura su propio edificio en la Ciudad Universitaria.

En 1973, posterior a la intervención militar del año anterior, se reabre la Universidad de El Salvador y se reorganiza la Facultad de Química y Farmacia.

En 1991 con la creación de la Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas, el Departamento de Química pasa a formar parte de ella, con lo que la Facultad de Química y Farmacia forma actualmente únicamente profesionales en Licenciatura en Química y Farmacia.