Desde sus inicios la facultad estuvo intensamente comprometida con su universidad y, principalmente, en una de sus más importantes actividades como es la Investigación.
En 1869 el presidente Balta encomienda al italiano Luis Sada di Carlo la organización del Instituto Agrícola, que se localiza en el Fundo Santa Beatriz.
También en 1935 el Ministro de Fomento, General Jorge E. Rodríguez, nombró una comisión para organizar la Sección pero nuevamente no llegó a materializarse.
En 1943 se obtuvo presupuesto para ello (60 000 soles) iniciándose el funcionamiento de la Sección con nueve estudiantes en una selección hecha sobre 28 postulantes.
Además iniciaron sus estudios tres promociones, pasando a la Escuela Nacional de Ciencias Veterinarias.
El Rector de San Marcos era Luis Alberto Sánchez, siendo el primer decano José Santivañez.
La incorporación de la Facultad a la UNMSM contó con el apoyo de una comisión compuesta por los siguientes miembros: teniente coronel Edilberto Suárez, Director del Servicio Central Veterinario del Ejército; coronel Russell Mc Nellis; V. Dtawffer; Marino Tabusso; José Santivañez; Alberto León y Julio Alencastre.
Los que cursaron el último año en la Escuela Nacional de Ciencias Veterinarias (todos cadetes militares) egresaron como la primera promoción en la Facultad.
Así mismo, en 1951 la Facultad organizó el Primer Congreso Panamericano de Medicina Veterinaria (PANVET), actualmente el más importante Congreso del gremio veterinario en el continente americano y que este año en su XXII versión se realizará por tercera vez en el Perú.
Este proyecto fue concebido por Teodoro Ramos Saco, en aquel entonces Decano de la Facultad y que en 1964 la Universidad incorpora como Profesor Emérito.
Cabe agregar que la historia del IVITA no ha sido exenta de problemas.
Del mismo modo, la universidad ha entregado el grado de Doctor honoris causa a algunos personajes destacados también aquí mencionados.