La antigua Escuela de Comercio nació en 1947[4]​ en la instalaciones del Monasterio San Agustín, en la calle Madrid.

En el año 1985 siendo ya Escuela Universitaria, se trasladó a la calle Francisco de Vitoria, en el polígono docente (Campus del Vena).

En 1997 incorporó estudios de ciclo largo y se transformó en facultad.

El actual edificio de La Facultad de Económicas y Empresariales fue inaugurado en 1999 por la Infanta Elena y se encuentra en el Campus denominado San Amaro (Hospital del Rey), donde también se ubican las facultades de Educación, Derecho, Ciencias, Humanidades y Comunicación, Ciencias de la Salud y uno de los edificios de la Escuela Politécnica Superior.

En la Facultad de Ciencias Económicas y Empresariales se imparten en la actualidad siguientes titulaciones de la Universidad de Burgos: Grado en Finanzas y Contabilidad Grado en Turismo (modalidad online) Doble Grado en Derecho y Administración y Dirección de Empresas Doble Grado: impartición simultánea del Grado en Administración y Dirección de Empresas y del Grado en Turismo Máster Universitario en Contabilidad Avanzada y Auditoría de Cuentas (Semipresencial) Máster Universitario en Cooperación Internacional para el Desarrollo (Interuniversitario) Máster Universitario en Economía Circular (Semipresencial) Máster Universitario en Investigación en Administración y Economía de la Empresa (Interuniversitario)