Fue fundado en 1947, disputa sus partidos como local en el Toše Proeski Arena, con capacidad para 33 460 espectadores, y juega en la Primera División de Macedonia del Norte.Todos los equipos acordaron volver a jugar sus partidos con la excepción del FK Partizan, que se negó.Lo que sigue fue una serie de demandas en nombre del FK Partizan y el caso fue llevado a la Corte Constitucional yugoslava.La siguiente temporada de la liga 1986-87 comenzó con diez equipos con -6 puntos al inicio del campeonato.Sin embargo, el Vardar representó a Yugoslavia en la Copa de Europa 1987-88, donde fue eliminado por el FC Porto en primera ronda.En ese equipo se encontraban jugadores como Darko Pančev, Ilija Najdoski, Dragan Kanatlarovski y Vujadin Stanojković.El FK Vardar disputó 33 temporadas en la máxima categoría yugoslava que estuvo activa desde 1947 hasta 1992 y ocupa el puesto 11 en la clasificación histórica.[2] Desde que adoptase sus colores definitivos de rojo y negro, el uniforme del Vardar ha sufrido muy pequeños cambios.Las únicas variaciones se produjeron en la década de 1990, cuando el club introdujo en la primera equipación rayas rojas y negras.Actualmente el Vardar utiliza este modelo de equipación con rayas rojas y blancas proporcionadas por la firma Li Ning.El FK Vardar disputa sus partidos como local en el estadio Filip II de Macedonia, un moderno recinto reconstruido en 2011, anteriormente conocido como Gradski stadion Skopje.Desde entonces comenzó la gran rivalidad entre las aficones Komiti y Čkembari, que se extendió al partido Vardar - Pelister.