Desde 1948 hasta el año 1976 compitió en categorías regionales y en 1977 ascendió por primera vez a Tercera División.
Tras tres años, en 1980 se proclamó campeón de la categoría ascendiendo a Segunda División B.
La alineación del campeón estuvo compuesta por: Iñaki, Manolo, Jonás, Espigulé, Raúl, Carrillo, Patri (Eugenio), Lucendo, Roberto (Molinero), Donosti (J. Martínez) y Leo.
La temporada 2007/08 el club, lastrado por las deudas y una crisis institucional, estuvo al borde de la desaparición.
Semanas después, al finalizar la temporada, el equipo logró el campeonato del Grupo 2 de la Primera Catalana, con lo que consiguió su ascenso a la Tercera División y la clasificación para volver a jugar la Copa del Rey 24 años después.
En la primera fase el Andorra fue colocado en el subgrupo III-A, el club finalizó la etapa en tercera posición del subgrupo, por lo que accedió a la fase de Segunda División junto con los clubes Barcelona "B", Ibiza, Gimnàstic de Tarragona, Alcoyano y Villarreal "B".
En el primer partido de eliminación, el Andorra fue eliminado por la Real Sociedad "B",[11] sin embargo, el club consiguió una plaza en la nueva Primera División RFEF,[12] que se convirtió en el tercer nivel del fútbol español a partir de la temporada 2021-2022.
En su segunda temporada en la ahora conocida como Liga Hypermotion, el Andorra no consiguió igualar las buenas sensaciones mostradas durante el año anterior.
Entre julio de 2021 y junio de 2024 fue la sede del FC Andorra, sin embargo, al finalizar la temporada 2023-24 el club debió abandonar el Nacional debido al final del convenio firmado con el Gobierno de Andorra, propietario del estadio, además, las autoridades andorranas decidieron instalar césped artificial en el recinto para extender su uso a otros deportes, lo que lo convirtió en una sede inviable para el fútbol profesional español.