El segundo y más grande fuerte, así como una fortificación menor contigua, sólo pudieron ser ocupadas por los españoles tres días más tarde en un cruento asalto, mientras que el 21 de febrero fue fácilmente reducido el fuerte restante.En el camino se incorporaron también diversas embarcaciones locales llamadas vintas y 150 auxiliares de Zamboanga.[5] En estos bancos se encontraban los cuatro fuertes, rodeados de algunas casas construidas sobre pilotes.[5] Un canal poco profundo partía la isla en dos, extendiéndose en varias ramificaciones que penetraban en el suelo, haciendo de Balanguingui una laberíntica ciénaga.[6] Dos vapores y dos pailebotes, con el apoyo de algunas embarcaciones menores, comenzaron a la vez a bombardear la fortificación, y cuando se estimó que este ataque había hecho caer la moral de los piratas, se dispuso el asalto.[6] Unos 25 piratas fueron asesinados durante el combate en el interior del fuerte, mientras que otros 30 o 40 se zambulleron en el agua y se ahogaron o murieron a causa de los disparos desde las falucas y los botes armados hispanos.[6] Una vez superado el primer propósito de la operación, los españoles decidieron entonces adentrarse en la isla a través del canal junto a los botes, pero no había suficiente profundidad y tuvieron que quedar atrás.[7] Los piratas, en su desesperación, dieron muerte a sus familias o se abalanzaron contra las bayonetas españolas.[7] Clavería confió su toma al capitán Gregorio Bárcenas y su compañía de carabineros del 2.º Ligero.[7] Las pérdidas en las filas de la Capitanía habían sido considerables: 16 muertos, 124 heridos y 22 contusos.[9] El 21 de febrero, Clavería destacó una compañía del 1.er Regimiento Ligero a las órdenes del coronel Peñaranda y algunos auxiliares zamboangueños desembarcasen en el lugar señalado con el objetivo de reconocer la zona y, si fuera posible, tomar el fuerte.
Croquis de la isla de Balanguingui y sus adyacentes
