Esta idea de "progresión" y "organismos superiores" en la evolución ahora se considera engañosa, ya que la selección natural no tiene una dirección intrínseca y los organismos se seleccionan por una mayor o menor complejidad en respuesta a las condiciones ambientales locales.
Un buen ejemplo son parásitos como el protozoo Plasmodium responsable de la malaria o las micoplasmas; estos organismos a menudo prescinden de rasgos que se vuelven innecesarios a través del parasitismo en un huésped.
La complejidad a menudo surge en la coevolución de huéspedes y patógenos, con cada lado desarrollando adaptaciones cada vez más sofisticadas, como el sistema inmunológico y las muchas técnicas que los patógenos han desarrollado para evadirlo.
Esta tremenda complejidad permite que el parásito cambie constantemente su superficie y así evadir el sistema inmunológico a través de la variación antigénica.
Esta tendencia puede verse reforzada por el hecho de que los propios ecosistemas tienden a volverse más complejos con el tiempo, a medida que la diversidad de especies aumenta, junto con los vínculos o dependencias entre especies.
[10] Si la evolución tuviera una tendencia activa hacia la complejidad (ortogénesis), como se creía ampliamente en el siglo XIX, entonces esperaríamos ver una tendencia activa de aumento con el tiempo en el valor más común (el modo) de complejidad entre los organismos.
Estos genes suplementarios pueden ser cooptados por la selección natural mediante un proceso llamado neofuncionalización.
En otros casos, la evolución neutral constructiva no promueve la creación de nuevas partes, sino que promueve interacciones novedosas entre los jugadores existentes, que luego asumen nuevos roles de pluriempleo.
[27] La hipótesis del riesgo mutacional se ha utilizado para explicar, al menos parcialmente, los genomas expandidos en algunas especies.
[28][29] Hay genomas expandidos en otras especies que no podrían explicarse mediante la hipótesis del riesgo mutacional.
Los genomas mitocondriales de Citrullus lanatus y Curcurbita pepo difieren en varios aspectos.
[30][31][32] En el siglo XIX, algunos científicos como Jean-Baptiste Lamarck (1744–1829) y Ray Lankester (1847–1929) creían que la naturaleza tenía un esfuerzo innato por volverse más compleja con la evolución.
Esta creencia puede reflejar las ideas vigentes en ese momento de Hegel (1770-1831) y de Herbert Spencer (1820-1903), que preveían que el universo evolucionaba gradualmente hacia un estado superior y más perfecto.
Los teóricos sociales a veces han interpretado este enfoque metafóricamente para condenar ciertas categorías de personas como "parásitos degenerados".
La evolución del orden, manifestado como complejidad biológica, en los sistemas vivos y la generación de orden en ciertos sistemas no vivos fue propuesta en 1983 para obedecer a un principio fundamental común denominado “la dinámica darwiniana”.