Comenzó su carrera como eunuco en el palacio del emperador Teodosio, tras cuya muerte en 395 arregló con éxito el matrimonio del nuevo emperador, Arcadio, con Eudoxia, bloqueando una tentativa del principal ministro de Arcadio, Rufino, de casar al joven y débil emperador con su hija.

Después del asesinato de Rufino en el mismo año, Eutropio aumentó su importancia en la corte imperial y pronto se convirtió en el consejero más cercano a Arcadio.

Al año siguiente fue el primer eunuco designado cónsul.

Durante su ascenso al consulado, Eutropio se ganó la enemistad del pueblo debido a su reputación de crueldad y avaricia.

Pudo haber desempeñado un papel en el asesinato de su precursor Rufino.