En 1999, cuando cumplió los trece años, junto con Junsu adicionó para SM Entertainment, a través de "Starlight Casting System".
Junsu, fue seleccionado y firmó un contrato con la empresa poco después, pero Eunhyuk no pasó la audición.
Bajo SM Entertainment, Eunhyuk recibió un mayor entrenamiento en canto, baile, actuación y tuvo breves cursos del idioma chino mandarín.
Un año después, el grupo junto a tres futuros miembros de TRAX (Jay Kim, No Minwoo, Kang Jungwoo) hicieron su primera aparición en un programa llamado "Heejun vs.
Rock", en el cual Heejun enseñó a Jay Kim, No Minwoo y Kang Jungwoo la forma adecuada de cantar rock, mientras que a Eunhyuk, Junsu y Sungmin se les enseñó otras técnicas de canto con Kangta.
En febrero del 2007, Eunhyuk fue puesto en la subunidad Super Junior-T, una subunidad creada con el fin de explorar otros géneros, en este caso el trot, y lanzaron su primer sencillo titulado Rokkugo.
Asimismo, formó parte del elenco del programa Dream Team, un programa de competiciones atléticas, y apareció como invitado frecuente de Star King, así como invitado en programas como Intimate Note, Fantasy Couple, Miracle e Introduce the Star's Friend.
En 2010 Super Junior lanzó su 4.º álbum de estudio titulado Bonamana, el cual tuvo un éxito importante en Corea.
El 30 de diciembre del 2012, SM Entertainment lanzó la canción como sencillo digital.
En medio del tour munddial, Eunhyuk lanzó junto con Donghae I Wanna Dance en junio de 2013.
A esta canción le siguió el sencillo Still You en diciembre.
La canción se volvió el tema principal de un programa japonés titulado 'Sukkiri' (爽快情報バラエティー スッキリ!!).
Eunhyuk participó en el comeback de Super Junior-M con un nuevo álbum titulado Swing.
Visitaron 8 ciudades incluyendo Osaka, Hiroshima, Fukuoka, Kobe, Niigata, Budokan y Tokio.
El 24 de marzo, el dúo lanzó una edición especial de The Beat Goes On, donde incluyeron 7 canciones más: "Oppa, Oppa", "1+1=LOVE", "Still You", "Motorcycle", "Love That I Need", and "I Wanna Dance".
El dúo se embarcó en su segunda gira japonesa llamada Super Junior D&E The 2nd Japan Tour - Present desde el 3 al 23 de abril, visitando 4 ciudades como Saitama, Osaka, Nagoya and Fukuoka.
Eunhyuk participó en el comeback especial por el décimo aniversario de Super Junior con los álbumes Devil y Magic, para los cuales contribuyó en la letra de la canción Alright.
El álbum contiene todas las canciones mensuales que lanzaron, e incluyeron nuevas canciones como "Sunrise" y "Polygraph".Seguido a este lanzamiento, el dúo se embarcó en una gira japonesa llamada Super Junior D&E Japan Tour 2018 ~Style~ desde septiembre hasta noviembre de ese año.
En agosto SJ-D&E hizo comeback en Corea del Sur, tras casi tres años hiatus, lanzando su segundo miniálbum coreano Bout You.
[13] Realizó presentaciones de comeback en programas musicales y promocionó el álbum apareciendo como invitado en programas de variedad como Amazing Saturday, Idol Master, Cheongdam Kitchen, entre otros.
Respecto a su participación en el programa los productores mencionaron que "Super Junior no solo ha dejado su marca en la historia del K-Pop, pero [Eunhyuk] también es un gran ícono de un idol de performance.
Los productores seleccionaron al bailarín principal de Super Junior como director, ya que las presentaciones es un aspecto muy importante en un idol".
A partir de mayo se añadieron más fechas en Malasia, Tailandia, Taiwán y Japón como parte de un nuevo tour asiático "The D&E" para promocionar Danger.
El día 13 de julio la subunidad se presentó en el Jeddah Season Festival, un importante evento musical en Arabia Saudita, compartiendo escenario con otra subunidad del grupo principal, SJ-KRY, entre otros artistas.