Sus estudios fueron interrumpidos debido a que Eulogio contrajo una grave infección intestinal, lo que le llevó a iniciar diversos viajes con sus padres para buscar un tratamiento sin mucho éxito.
Eulogio conoció a Isolina Clotet Valdizán, hija del empresario minero Manuel Clotet y Matamoros y de Guadalupe Valdizán, con quien inició un romance.
De este matrimonio nacieron Manuel, Emma, Octavio, Erasmo, Félix, Ignacio, Eulogio, Ana María y Elías Fernandini Clotet.
En 1886 se iniciaron los trabajo en el socavón principal de Colquijirca llamado “Socavón Fernandini”, de donde se obtuvo plata, plomo y zinc.
Murió en diciembre de 1947 y fue enterrado en su mausoleo en el Cementerio Presbítero Maestro.