Este mismo año fue nombrado director musical en Kiel e inició una brillante carrera que le llevó a dirigir numerosas orquestas.

Rechazó una oferta para dirigir doce conciertos con la Filarmónica de Nueva York, creyendo que su repertorio y experiencia no eran todavía suficientes.

Dirigió la música de compositores como Paul Hindemith y Béla Bartók prohibidos por los nazis.

Durante las iniciativas de desnazificación posteriores a la guerra, las autoridades británicas y estadounidenses estuvieron en desacuerdo sobre Jochum, y en mayo de 1945, los norteamericanos lo incluyeron temporalmente en su lista negra, pero los británicos no encontraron ninguna culpa en Jochum, argumentando que nunca había sido miembro del Partido Nazi, SS o SA, que había permanecido como "católico romano convencido" y "no había comprometido su integridad artística".

En 1948, los Estados Unidos determinaron que no podían encontrar evidencia de su participación en organizaciones nazis.

Para montar la orquesta, Jochum reclutó músicos altamente cualificados, incluido al Cuarteto Koeckert como el núcleo de las cuerdas.

En los años setenta dirigió las últimas ediciones del montaje de Parsifal debido a Wieland Wagner, estrenado en 1951.

El compositor más referencial para Eugen Jochum, acorde también con la espiritualidad de sus ideas católicas, fue Anton Bruckner.

[1]​ El nuevo ciclo sinfónico bruckneriano grabado en 1976 con la Staatskapelle siguió pautas interpretativas similares, aunque se ganó mucho en lo relativo a la toma sonora.

En cambio supo apreciar los resquicios tonales de compositores como Orff, con quien siempre le unió una gran vinculación, Egk, Sutermeister y Fortner.

Su hermano Georg Ludwig Jochum, menos conocido, fue igualmente director de orquesta en Alemania.