A finales de 1893 accedió al Consejo Federal, donde permaneció seis años.Más tarde fue director de la Unión Postal Universal hasta su muerte.En aquel momento, su hijo Eugène tenía 15 años y vivía con el resto de la familia en Berna.Se licenció en 1877 y empezó a trabajar como pasante en el bufete de Louis Ruchonnet.El nombramiento como profesor del economista Vilfredo Pareto contribuyó a que la nueva universidad se consolidara rápidamente en el panorama académico.Ruchonnet había estado promoviendo discretamente a Ruffy para que fuera su sucesor, motivo por el cual los radicales valdenses lo designaron candidato.Este tipo de nepotismo no despertó gran entusiasmo en la Suiza alemana.Tan sólo manifestaron abiertamente su disconformidad los liberales berneses (quienes no le perdonaron un encendido discurso contra la política ferroviaria del Consejero Federal Emil Welti y su supuesta oposición a la línea del Simplon), aunque finalmente decidieron no presentar un candidato propio.Ruffy obtuvo 87 de los 148 votos válidos en la primera votación (hubo 30 papeletas en blanco o nulas).[5] Ruffy se sentía cada vez más frustrado por la imposibilidad de permanecer durante cierto tiempo en un mismo departamento.
