Debido a que detestaba las aglomeraciones, la emperatriz insistió en dirigirse hasta el puerto las dos solas sin la compañía de su séquito.Sztáray pidió la ayuda de un médico, pero solo una enfermera, quien se hallaba en el barco como pasajera, estaba allí para prestar auxilio.Sztáray abrió su vestido y procedió a cortar los cordones del corsé para que la emperatriz pudiese respirar con mayor facilidad.La emperatriz fue conducida de vuelta al hotel por seis marineros en una camilla improvisada con cojines, dos remos y una vela.En dicho telegrama se solicitaba permiso para la realización de una autopsia, siendo la respuesta del emperador que cualquier procedimiento prescrito por la ley suiza debía cumplirse.[3][9] La autopsia fue llevada a cabo al día siguiente por Golay, quien descubrió que el arma homicida, aún en paradero desconocido, había penetrado 85 mm en el tórax, fracturando la cuarta costilla, perforando el pulmón y el pericardio, y penetrando en la parte superior del corazón antes de salir por la base del ventrículo izquierdo.Debido a lo delgada y afilada que era la aguja empleada, la herida resultante era muy estrecha y, a causa de la elevada presión que ejercía el corsé extremadamente apretado de la emperatriz, la hemorragia en el saco pericárdico alrededor del corazón se vio ralentizada y reducida a unas pequeñas gotas de sangre.[10] Golay fotografió la herida, si bien entregó la instantánea al procurador general suizo, quien la destruyó bajo órdenes de Francisco José junto con el instrumental empleado en la autopsia.El día 13, antes de que los ataúdes fuesen sellados, los representantes oficiales del emperador llegaron para identificar el cuerpo.El ataúd estaba equipado con dos paneles de cristal cubiertos por puertas, las cuales podían deslizarse hacia atrás para permitir que el rostro del cadáver quedase expuesto.[14] Lucheni había planeado comprar un estilete, pero debido a que no disponía del dinero suficiente para adquirirlo (12 francos), simplemente optó por afilar una lima con una daga casera hasta convertirla en una aguja y cortar un trozo de madera empleada como leña a modo de mango.[17] Francisco José declaró al príncipe Liechtenstein: «Que un hombre ataque a una mujer así, cuya vida entera pasó haciendo bien y nunca hizo daño a ninguna persona, es para mí incomprensible».
Funeral de Isabel de Baviera (17 de septiembre de 1898)