[2]​ Fue al colegio Santa Ana y luego estudió Psicología en la Universidad Mayor de San Simón (UMSS) en Cochabamba, donde obtuvo la licenciatura.

En los años 1990 Esther Balboa y su esposo fueron con sus tres hijos a Ulm en Alemania, donde ambos se doctoraron en Ciencias Biológicas, Ina Rösing siendo su asesora doctoral.

), así como su marido, cuya tesis, presentada en 1997, tuvo el título “Ideología étnica, el poder y lo político entre los quechua de Cochabamba (1935–1952)”.

Quispe, autoproclamado “presidente de los aymaras”, la había propuesto para la vicepresidencia, reconociéndola como “representante del pueblo quechua”.

Se volvió a trabajar como docente de Ciencias Sociales, Antropología, Etnolingüística y Medicina Tradicional.

Esther Balboa fue elegida secretaria general; los demás miembros del primer directorio fueron el presidente Iván Prado Sejas, Julieta Zurita Cavero, Juan Clavijo Román y Gonzalo Montero Lara.