Corre casi paralelamente al último para después de un corto trayecto girar hacia el norte y desembocar en la ribera sur del Limarí.

La subcuenca del estero Punitaqui, desde su nacimiento hasta la confluencia con el río Limarí tiene un régimen claramente pluvial.

Su hoya hidrográfica se encuentra a muy baja elevación, de manera que no recibe aportes nivales.

Entre diciembre y marzo se presentan caudales muy bajos debido a la inexistente influencia nival, los que no superan los 100 l/s en años normales.

[2]​: 21 El caudal del río (en un lugar fijo) varía en el tiempo, por lo que existen varias formas de representarlo.