[3]​[4]​ Tras su buen desempeño en la Copa América Femenina 2010, no tenía equipo en Argentina,[5]​ y fue contactada por el preparador físico de Colo-Colo, Paulo Escudey, quien inicia las gestiones para que el club albo fiche a la jugadora argentina.

[9]​ En noviembre obtuvo el subcampeonato de la Copa Libertadores Femenina 2011 tras perder por la cuenta mínima ante el São José.

El partido finalizó 0:0, por lo que definió mediante lanzamientos de penalti, instancia en la que Colo-Colo se impuso 4 a 2 y se coronó campeón de Copa Libertadores por primera vez.

[19]​ En la Copa Libertadores quedaron en tercera posición tras ser derrotadas en semifinales por penaltis tras ir ganando hasta el minuto 86.

[20]​[21]​ Después representó a América en el Mundial de clubes femeninos, en el que fueron cuartas.

[30]​ Al final del año retornó a Colo-Colo para intentar ayudar a ganar el Torneo Clausura, y tuvo un papel protagonista en los play-off, pero no pudo evitar que Palestino rompiese la racha de campeonatos de Colo-Colo.

Con 25 años decidió poner rumbo al Viejo Continente fichando por el equipo ché, el cual consideró que fichar a Estefanía Banini era la mejor opción para cubrir la demarcación del centro del campo.

[38]​ Durante la temporada 2016-17 jugó 21 encuentros y marcó 4 goles, contribuyendo a la mejor clasificación en la historia del club, al quedar en tercera posición.

Tras su efímero pero exitoso paso por Valencia en 2017 retornó al Washington Spirit junto con Aedo, y marcó un gol en nueve encuentros.

[44]​ Con el equipo granota fue titular habitual disputando 28 partidos y marcando 4 goles, algunos de vital importancia, como ante la Fundación Albacete,[45]​ o su exequipo, el Valencia,[46]​ ayudando así al equipo a quedar en tercera posición.

[51]​ Jugó su primer partido con el club madrileño en un duelo de pretemporada contra el AC Milan, que terminó con victoria del equipo italiano por 3-1.

Banini ganó presencia en el equipo con el nuevo entrenador y las lesiones de Leicy Santos.

En febrero de 2024 le fue otorgado el Trofeo EFE a la Mejor Futbolista Iberoamericana 2023.

[66]​ En la segunda fase fueron goleadas por Brasil, empataron con Chile y perdieron con Colombia, finalizando el campeonato en cuarta posición.

[68]​ En septiembre de ese mismo año participó en la Copa América que se celebró en Ecuador.

Banini fue titular en todos los encuentros y transformó un penalti en la última victoria ante Brasil.

En el último encuentro se jugaban la opción de optar a clasificarse para el Mundial ante las anfitrionas.

[70]​ No pudo participar en el Torneo Internacional de Brasil por sus compromisos en los play-off por el título con Colo-Colo.

En 2015 Banini sufrió una lesión de larga duración que no le permitió participar en los Juegos Panamericanos.

Argentina no disputó ningún encuentro hasta 2017, en los que Banini tampoco participó.

Banini marcó un gol de falta directa que no sirvió para evitar la derrota por 3-1 ante Brasil.

[75]​[76]​ En la fase final dio la asistencia que adelantó a las albicelestes en la victoria por 3-1 sobre Colombia.

[78]​ En el partido de vuelta empataron a un gol, y se clasificaron para disputar el Mundial.

La celeste y blanca se va a extrañar siempre, pero yo sigo siendo profesional y trato de dejar bien parado a mí país, ya sea como Estefanía Banini o defendiendo mis colores.

Yo a esta edad ya he hecho mi carrera, no necesito estar en la Selección para salir (al exterior).» [86]​ Por su lado, tras no convocarla para la SheBelieves Cup, el seleccionador Carlos Borrello declaró que no estaba «enojado con ella, pero tienen que entender que el entrenador está para algo».

[90]​ En el primer partido ante Brasil entró en el terreno de juego en el minuto 63 cuando la selección albiceleste ya estaba tres goles por debajo en el marcados.

En el segundo encuentro ante Perú originó la jugada que abrió el marcador tras regatear a la guardameta peruana y asistir a una compañera en lugar de marcar ella, y dio otra asistencia en el tercer gol del partido.

Además, de acuerdo a lo expresado por la propia jugadora, esta seria la última competencia que afrontaría con el seleccionado nacional.

[98]​ Fue titular ante Italia, en el que cayeron derrotadas por 1-0 con un gol en el minuto 87,[99]​ y ante Sudáfrica, en el que remontaron dos goles para empatar el partido y tener opciones a pasar a la siguiente fase.