Se encuentra en servicio desde 2005 y sustituye a la antigua estación de ferrocarril, que había sido inaugurada en 1893.

Durante la Guerra Civil, en un bombardeo de los nazis en 1937 en apoyo a Franco, la vidriera frontal, el reloj anteriormente mencionado y la balaustrada de hierro que coronaba la construcción fueron destruidos, no por golpes directos, sino por proyectiles que cayeron sobre las vías adyacentes.

[7]​ En el transcurso de dicha reforma se descubrió la entrada de dos refugios antiaéreos construidos durante la contienda,[8]​ y un espacio subterráneo con tres estancias, pero no es segura la relación entre ambos hallazgos.

La más fiable información sobre el autor sostiene que fue diseñada por Laurent Farge, quien se encargó del proyecto de cálculo y montaje.

La antigua estación de autobuses fue diseñada por el arquitecto Guillermo Langle Rubio en 1952.

Sigue un estilo racionalista, típico almeriense, y continuó con su uso hasta el traslado a la nueva estación.

También se estudia la construcción del Eje Ferroviario Transversal de Andalucía que permitirá la comunicación entre Huelva, Sevilla, Málaga, Granada y Almería, y además ha superado la fase de Estudio informativo.

Todos los servicios de viajeros se inician o finalizan en la estación.