En 1879 se puso en marcha otra línea esta vez hacia el sur que unía Mérida con Zafra y cuyo final era Sevilla, concretamente la localidad de Los Rosales donde empalmaría con el trazado Madrid-Sevilla.[5] Finalmente, MZA acabó pactando con los Ferrocarriles Extremeños y, previo pago, se quedó con la línea, concluyéndola en 1885.[5] En 1941, la nacionalización del ferrocarril en España supuso la desaparición de MZA que desde 1880 también gestionaba la primera línea y su integración en la recién creada RENFE.En total cuenta con 21 vías numeradas aunque solo las vías 3, 1 y 2 tienen acceso a tres andenes uno ahora inaccesible por las obras de la alta velocidad situado más a otro lateral, otro central y otro junto al edificio de la Estación.La estación mantiene en cambio importantes servicios de media distancia que se cubren con trenes Regional Exprés y MD.
