Sus oficinas centrales estaban en el Edificio 25 en el South Campus (donde antiguamente se situaba la Richmond Naval Air Station, una base ubicada a 20 km al sur del campus principal) de la Universidad de Miami en Miami, Florida.
[1][2][3][4][5] El primer rol destacado de JMWAVE fue cuando fue utilizada como centro de operaciones de la Task Force W, la unidad de la CIA dedicada a la operación Mangosta[2][6][7] –un intento estadounidense de derrocar al gobierno comunista del presidente Fidel Castro en Cuba.
[8] La operación JMWAVE tuvo su origen en una antigua oficina de la CIA en Coral Gables.
Bajo el liderazgo de Ted Shackley entre 1962 a 1965, JMWAVE creció hasta convertirse en la mayor estación de la CIA en el mundo después de los cuarteles generales de la organización en Langley, Virginia, llegando a contar con entre 300 y 400 operarios (posiblemente 100 de ellos operando desde Cuba) y también unos 15.000 exiliados cubanos anticastristas en nómina.
Los exiliados eran entrenados en tácticas de comando, espionaje y artes del mar y la estación apoyó numerosas entradas de exiliados a Cuba.