En esta etapa de paso por la cinta o "stripping" las moléculas se romperán.
En 1977, inspirado por este trabajo Richard A. Muller en el Laboratorio Lawrence Berkeley reconoció que los aceleradores modernos podrían acelerar las partículas radiactivas a una energía donde las interferencias del medio podrían separarse usando técnicas de identificación de partículas.
Su trabajo fue la inspiración directa para otros grupos que usaban ciclotrones (G. Raisbeck y F. Yiou, en Francia) y aceleradores lineales en tándem (D. Nelson, R. Korteling, W. Stott en McMaster).
K. Purser y sus colegas también publicaron la detección exitosa de radiocarbono utilizando su tándem en Rochester.
El AMS se emplea con mayor frecuencia para determinar la concentración de 14C, p.e.
10Be, 26Al y 36Cl se utilizan para la datación por exposición a la superficie en geología.
La espectrometría de masas con acelerador es ampliamente utilizada en la investigación biomédica.
[6][7][8] En particular, el 41Ca se ha utilizado para medir la resorción ósea en mujeres posmenopáusicas.