Espacio intermembranal

Estas dos membranas permiten la formación de dos compartimentos acuosos, que son el espacio intermembranal (IMS) y la matriz.

Por el contrario, se necesitan proteínas de transporte específicas para transportar iones y otras moléculas pequeñas a través de la membrana mitocondrial interna hacia la matriz debido a su impermeabilidad.

[7]​ A continuación se transportan a través de la membrana mitocondrial interna hasta la matriz y se convierten en acetil CoA para entrar en el ciclo del ácido cítrico.

[7]​[8]​ La cadena respiratoria de la membrana mitocondrial interna lleva a cabo la fosforilación oxidativa.

[9]​ Estos complejos respiratorios bombean los protones desde la matriz mitocondrial hasta el IMS.

Este gradiente electroquímico del IMS a la matriz se utiliza para impulsar la síntesis de ATP en las mitocondrias.

Estructura simplificada de una mitocondria
Cadena de transporte de electrones y espacio intermembrana de una mitocondria
Componentes apoptóticos liberados del espacio intermembrana de una mitocondria
Estructura simplificada de un cloroplasto en la que se ve el espacio intermembranal
Estructura simplificada del núcleo de una célula eucariota