El origen de su nombre tiene mucho que ver con el origen de sus repobladores medievales, ya que tanto la denominación "Scornavacas" (recogida en algunos documentos medievales) como el actual "Escuernavacas" (recogida en otros) nos muestran un nombre íntimamente relacionado con la lengua leonesa y la gallega.
En este sentido, en ambos casos estaríamos hablando del prefijo "es", en lugar de la solución "des" que ofrece el castellano.
De este modo, tanto si la denominación en origen era "Escornavacas", como si correspondiese a la actual "Escuernavacas", no cabe duda de que responde a un fenómeno lingüístico propia de la lengua leonesa, hecho que parece bastante lógico tomando en consideración que dicha lengua fue empleada en la localidad hasta finales del siglo XIX.
Su origen se remonta a la acción repobladora del Reino de León en la Edad Media, debiendo su génesis poblacional al rey Fernando II de León en el siglo XII, integrándose en la jurisdicción de Ledesma tras la creación de su alfoz por el mencionado Fernando II en el siglo XII.
Eclesiásticamente, Escuernavacas llegó a ser anejo de Guadramiro.