Hijo de Johann Wilhelm Middendorf y Albertine Fröebel.

Animado por una romántica atracción por los países lejanos, salió de Hamburgo en 1854 en viaje a los mares australes.

Su ejercicio profesional tuvo tanta fortuna que los presidentes Mariano Ignacio Prado y José Balta solicitaron sus servicios.

Al efecto, emprendió numerosos viajes a todo lo largo y ancho de la variada geografía del Perú.

Y cuando decidió alejarse en 1888, lo hizo para llevar a cabo la paciente labor de redactar las obras a las cuales estaban destinadas sus largas y diligentes investigaciones.