Estudió en la Ciudad de México durante los años previos al movimiento armado.

[1]​ Desde 1913, después del asesinato de Francisco I. Madero y José María Pino Suárez, se enlistó en el ejército comandado por Venustiano Carranza y combatió a Victoriano Huerta,[1]​ participando a lado de Pedro C. Colorado, Aquiles Calles y su hermano Carlos Aguirre Colorado en la región de la Chontalpa, Tabasco.

Al ser designado por Carranza Luis Felipe Domínguez como gobernador del estado, los revolucionarios de la Chontalpa se inconformaron y el 2 de septiembre de 1914 Ernesto Aguirre Colorado entró a la capital del estado San Juan Bautista junto con los revolucionarios Pedro C. Colorado, Carlos Greene, Ramón Sosa Torres, Isidro Cortés y José Domingo Ramírez Garrido, con la finalidad de expulsar al gobernador Domínguez.

Posteriormente pasó a las órdenes de Salvador Alvarado para combatir la rebelión de Abel Ortiz Argumedo en Yucatán; y en Quintana Roo, combatió a Arturo Garcilaso.

[1]​ Al producirse el cuartelazo y muerte del gobernador de Tabasco, Pedro C. Colorado el 28 de agosto de 1915, huyó del estado y se embarcó en el Buque “Campeche” hacia Veracruz, donde se unió a Francisco J.