[2] Militante del MLN Tupamaros, Agazzi fue encarcelado hasta 1978 en el departamento de Paysandú.
Finalmente, con el restablecimiento de la democracia en el país, Agazzi regresa al mismo, en 1984.
Cinco años más tarde, asume como senador de la República por el mismo sector político, cargo que debió abandonar el 1 de marzo del 2005, cuando el presidente Tabaré Vázquez lo designó Subsecretario de Ganadería junto con el entonces Ministro José Mujica.
El domingo 27 de mayo de 2012, por primera vez en su historia, el Frente Amplio celebró elecciones abiertas para elegir a sus máximas autoridades; Agazzi compitió por la presidencia con Enrique Rubio, Mónica Xavier y Juan Castillo,[3] resultando electa Mónica Xavier.
En diciembre de 2016, Ernesto Agazzi renunció a su banca, alegando motivos de edad y, en sus propias palabras, para dejar su lugar a generaciones más jóvenes, actitud que mereció un amplio reconocimiento por parte de legisladores colegas.