Hijo de unos modestos comerciantes, fue alumno de la École Normale Supérieure en 1862, luego entró en Escuela Militar Especial de Saint-Cyr.
Presentado por el ministro e historiador Victor Duruy, Lavisse fue preceptor del príncipe imperial en 1868, gracias a la recomendación de Duruy además de ser miembro de su gabinete en el año 1869.
Decidió trabajar por su país estudiando el funcionamiento del sistema universitario de Alemania.
Durante tres años estudió sobre la historia y los orígenes de Prusia, un tema que sería su especialidad.
Una de sus dos tesis, La Marche de Brandebourg sous la monarchie ascanienne, anuncia sus futuros trabajos y la mayoría de los estudios originales: Études sur l’histoire de Prusse (1879), Trois empereurs d’Allemagne, Guillaume Ier, Frederic III, Guillaume II (1888), y, finalmente, dos libros sobre Federico el Grande en 1891 y 1893: La Jeunesse du Grand Frederic y Le Grand Fréderic avant l’avènement.