La terraza en donde se extiende la ermita y, a su lateral, la necrópolis se alza a 899 m s. n. m..[1]​[2]​ Las intervenciones arqueológicas en el yacimiento de San Nicolás tienen dos etapas: La primera intervención se realizó bajo la dirección del Doctor en Historia Francisco Reyes Téllez y estuvo motivada por la aparición de restos humanos durante labores agrícolas en el lugar.

[1]​ Se acometió mediante el sistema Wheeler el interior de la edificación (ermita) y el exterior (necrópolis).

[1]​ No obstante, se lograron documentar en este sector exterior fragmentos cerámicos, restos óseos y tumbas.

[1]​ En 2018 se retoma el trabajo arqueológico con el fin de consolidar las estructuras y acondicionar el yacimiento para una futura musealización.

Se han llevado a cabo dos campañas bajo la dirección del Doctor en Historia Alberto Polo Romero y el anterior director Francisco Reyes Téllez, ambos profesores titulares de la Universidad Rey Juan Carlos.

[2]​ Durante la campaña de 2018 se delimitaron las tumbas documentadas en la etapa del siglo XX.

Este año apareció la pieza más emblemática del yacimiento, es una estela discoidea tallada en caliza.

La planta de la Ermita está compuesta por un ábside cuadrángular y una nave central rectángular.

Por el contrario, la continuidad en la ocupación de este sitio desde la tardoantigüedad hasta los siglos XI y XII desmontan esta tesis.

La importancia viene dada por este hecho, y es que no suelen aparecer in situ.

Esta pieza encaja perfectamente en su entorno funerario, donde se superpone a tumbas excavadas en la roca con forma humana.