Sin embargo, el gobierno del Imperio de Etiopía centralizaba todo el país, tanto así que el lenguaje amárico se hizo el idioma oficial en Eritrea, el gobierno regional fue rebajado a una autoridad administrativa en 1960 y el parlamento fue obligado a disolverse en 1961.
Esto estaba en contradicción directa con la Resolución 390 A(V) de la ONU, que había creado la federación.
Los miembros del frente libertario se aliaron con los movimientos de resistencia etíopes que querían derrocar al gobierno y encabezaron una guerra civil nacional.
La Región Autónoma de Assab también incluía las otras áreas etíopes donde habitaban los afar.
La capital provincial, Asmara, cayó el 24 de mayo, y así terminó la guerra revolucionaria.