Director del Centro de Estudios para el Desarrollo Regional, A.C.
Director general de Estudios Legislativos: Investigaciones Sociales del Instituto Belisario Domínguez.
Ha publicado los libros: Fue director general de Sintropía en el Instituto de Estudios Estratégicos y Políticas Públicas, AC.
En 2006 manifestó públicamente su interés en ser candidato de su partido, el PRD, a Gobernador de Yucatán en las Elecciones de 2007[1] y se registró como precandidato, sin embargo, el PRD prefirió inicialmente ir con la candidatura externa de la expanista Ana Rosa Payán, candidatura que causó una amplia controversia a nivel nacional y que fue finalmente rechazada por el consejo nacional perredista, ante ello, Villanueva Mukul reiteró su postulación,[2] aunque manifestando que solo aceptaría la candidatura si cuenta con todo el apoyo del partido, ante los problemas suscitados por el caso de Ana Rosa Payán.
[3] Fue registrado por la dirigencia nacional del PRD para contender como candidato a gobernador de Yucatán en las elecciones estatales en Yucatán de 2012.