Ejerció como Comandante en jefe del Ejército durante una parte de la Guerra del Pacífico y se desempeñó como diputado por Santiago entre 1876-1879, integrando la Comisión de Guerra y Marina.

Santa María lo eligió porque quería colocar a un militar querido por los soldados y que no hiciera sombra a nadie, así, si regresaba victorioso, no estorbaría la candidatura presidencial del ministro.

A pesar de los choques con el ministro, durante su comando las fuerzas chilenas vencieron en Dolores y Los Ángeles.

Dejaba al ejército en una situación vulnerable debido a que la moral de los soldados bajara, enfrascándose en disputas, chismes y rivalidades internas.

Sotomayor designó para resolver el problema al General Manuel Baquedano González como comandante en jefe, debido a su capacidad para restablecer la moral y el orden («Donde está Baquedano, no hay chismes» dijo el ministro).