Epítopo
La parte de un anticuerpo que reconoce el epítopo se llama paratopo.Los epítopos de las células T presentados por moléculas MHC clase I son típicamente péptidos de entre 8 y 15 aminoácidos de longitud, mientras que las moléculas MHC clase II presentan péptidos más largos y las moléculas MHC no clásicas también presentan epítopos no peptídicos como los glucolípidos.Los epítopos pueden ser trazados usando microarrays de proteínas, y con las técnicas ELISPOT o ELISA.Si este segundo anticuerpo es de clase IgM, su unión puede acentuar la respuesta inmune; si el segundo anticuerpo es de clase IgG, su unión puede disminuirla.Actualmente se están realizando investigaciones intensivas para diseñar herramientas fiables que predecirán epítopos en proteínas.