Enrique fue hijo póstumo del infante Enrique de Aragón y su segunda esposa, Beatriz Pimentel, hija del Rodrigo Alonso Pimentel, II conde de Benavente y de Leonor Enríquez, hija de Alfonso Enríquez.
[1] A la muerte de su padre en 1445, su tío, el rey Alfonso V de Aragón, actuó como regente del condado de Ampurias con tal poder, que Enrique no pudo acceder al control del mismo hasta la muerte del monarca en 1458.
En 1469, el condado de Segorbe fue ascendido a la categoría de ducado y en 1489, Enrique lo cedió a su hijo Alfonso.
Cuando su primo Fernando II de Aragón fue proclamado rey, Enrique fue nombrado lugarteniente de Cataluña y, a diferencia de como había sucedido hasta aquel entonces, el cargo fue institucionalizado, dejando de ser un cargo para cuando el monarca abandonaba el Principado de Cataluña y pasando a ser un cargo permanente, con independencia de la localización del monarca.
El matrimonio tuvo tres hijos: Murió en Castellón de Ampurias el 2 de julio de 1522 y fue enterrado en el Monasterio de Poblet.