[4]​ En la actualidad (2009) Enrique Cabaña es Investigador Nacional del Máximo Nivel del Sistema Nacional de Investigadores de Uruguay.

Es en este país donde obtiene (en conjunto con Mario Wschebor), el Premio Anual en Matemática del Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICYT) de Venezuela.

A su retorno al país, luego del exilio forzado por la dictadura, Enrique Cabaña se abocó a la reorganización de la actividad científica en Uruguay, en particular a través del Proyecto de Desarrollo de Ciencias Básicas (PEDECIBA).

Por este motivo es electo vicedirector, junto a Roberto Caldeyro Barcia, que ocupa la dirección del proyecto.

Enrique Cabaña fue nombrado director del PEDECIBA en 1996.