Se llama endometrioma ovárico por presentarse sobre todo en el ovario, aunque puede aparecer en otras localizaciones.

Sin embargo, los síntomas pueden variar de una persona a otra y en algunos casos puede permanecer asintomático.

[4]​ Los síntomas más comunes son:[4]​[5]​ En 1921 John Sampson señaló que los endometriomas podrían formarse cuando el tejido que normalmente se elimina del útero se mueve hacia los ovarios debido a una perforación uterina, sin embargo, aún no se conoce la causa precisa de la formación de endometriomas ováricos.

El diagnóstico puede sospecharse por los síntomas, también se realizan pruebas de imagen, una ecografía abdominal o resonancia magnética, pero para obtener un diagnóstico definitivo es preciso el estudio del tejido mediante técnicas de anatomía patológica.

Sin embargo, incluso después del tratamiento, los quistes de chocolate pueden volver a aparecer.