[1] Encephalitozoon puede causar enfermedades en seres humanos, fundamentalmente diarrea crónica en pacientes con VIH.
[4] La especie E. cuniculi es un parásito intracelular que causa una infección del sistema nervioso central en roedores, lagomorfos (como los conejos), primates y algunos carnívoros.
[5] Las infecciones por especies del género Encephalitozoon responden bien al tratamiento con albendazol.
[6] Las esporas están protegidas por una pared que consta de tres capas: un ectodermo denso, un endosporofito intermedio ancho, que parece no tener estructura quitinosa, y un retículo endoplásmico delgado.
Dentro de este caparazón resistente y duradero se encuentra un citoplasma, que alberga el núcleo y el citoplasma, todos los cuales se transfieren a la célula huésped durante la infección.