En 1221, fue forzado a abdicar debido a su participación en la Guerra Jōkyū; un incidente fallido en la que el emperador Go-Toba buscaba derrocar al shogunato Kamakura y proclamar la restauración imperial.

El Emperador Juntoku fue enviado al exilio a la isla de Sado, lugar donde estuvo hasta su muerte en 1242.

[4]​ La Tumba Imperial oficial del emperador Juntoku está en Kioto.

Fue discípulo de Fujiwara no Sadaie, quien le enseñó poesía.

Uno de los poemas del emperador fue incluido en la antología poética, Ogura Hyakunin Isshu.