Nació en Valencia donde su padre militar de profesión se encontraba destinado.

Allí pasó su infancia, hasta que por influencia de su padre se trasladó a Madrid para cursar los estudios de arquitectura.

Una de las pocas obras que se conservan de este arquitecto es la cúpula del Teatro-Museo Dalí en Figueras, que el propio Emilio no pudo ver finalizada pues falleció en un accidente de automóvil cuando regresaba desde Figueras a Calasparra.

Muchas de las obras creadas por Pérez Piñero han quedado abandonadas[3]​ y otras tienen mucha historia, como por ejemplo la estructura diseñada para albergar el sistema Cinerama[4]​ que acabó siendo adquirida por El Circo de Los Muchachos para viajar por diversas partes del mundo hasta su localización final a las afueras de la ciudad de Orense (Galicia, España).

[5]​[6]​[7]​ En 1972 diseñó un innovador Velódromo[8]​ para la localidad de Anoeta que no llegó a construirse, a pesar del apoyo e insistencia de Salvador Dalí.