Emérico era hermano mayor del conde Esteban de Zápolya, padre del rey Juan I de Hungría.
Emérico nació como hijo del noble Ladislao de Zápolya, y entre sus hermanos se hallaban Esteban de Zápolya y Nicolás de Zápolya.
Emérico comenzó el ascenso de su carrera político-militar al lado del regente húngaro Juan Hunyadi.
El rey Matías Corvino de Hungría complacido con Emérico y su hermano Esteban pronto los colmó de cargos públicos, confiándoles diferentes dependencias del reino.
Si bien luego Emérico se opuso abiertamente al rey e incluso participó en la conspiración de Juan Vitéz, siempre recibió misericordia del monarca húngaro.