Nombrada ministra de Sanidad y Consumo por José Luis Rodríguez Zapatero.
Ese año aspiró, sin éxito, a presidir la Organización Mundial de la Salud, llegando a la última fase, con otros cuatro candidatos, en la que se eligió finalmente a Margaret Chan (8 de noviembre de 2006).
En las elecciones generales encabezó las listas del PSOE en Cantabria.
[4] El 12 de julio de 2011 pasó a ocupar también la vicepresidencia de Asuntos Económicos, puesto equivalente a la vicepresidencia primera que había decidido abandonar Alfredo Pérez Rubalcaba para preparar su candidatura a las elecciones generales.
Aunque la legislación vigente impedía a un ex alto cargo del gobierno español trabajar para una empresa privada durante los dos años posteriores a abandonar el puesto, esta restricción no se le aplicó dado que es una empresa radicada en el exterior de España.