Como ningún candidato obtuvo más de la mitad de los votos, correspondió al Congreso Nacional elegir al presidente entre los candidatos más votados.
La conformación de los binomios expresó ya, a diferencia de las elecciones anteriores, la escasa distancia ideológica del sistema de partidos: el Acuerdo Patriótico (formado por el Movimiento de Izquierda Revolucionaria (MIR) y la Acción Democrática Nacionalista (ADN)) presentó al ex dictador Hugo Bánzer como candidato a la presidencia y al exguerrillero Óscar Zamora como candidato a la vicepresidencia.
El Movimiento Nacionalista Revolucionario (MNR) presentó al neoliberal, Gonzalo Sánchez de Lozada, con un dirigente e intelectual aimara, Víctor Hugo Cárdenas.
El MNR obtuvo primeras mayorías en ocho de los nueve departamentos.
A pesar de su amplia victoria, la alianza tuvo que conformar una nueva coalición en el Congreso, con el MBL y UCS, juntando a 79 de los 130 diputados y a 18 de los 27 senadoresGonzalo Sánchez de Lozada fue el único candidato en la elección llevada a cabo en el Congreso, y fue apoyado por su propia coalición entre el Movimiento Nacionalista Revolucionario y el Movimiento Revolucionario Túpac Katari de Liberación, así como la Unidad Cívica Solidaridad y el Movimiento Bolivia Libre.