La Constitución recoge que para el Gobierno Local los departamentos se dividirán en municipios que estarán regidos por un concejo municipal conformado por un alcalde, un síndico y dos o más regidores en función de su población (Art.
En los gobiernos municipales, ARENA gobernará en 10 de las 14 cabeceras departamentales incluidas la ciudad capital (Ernesto Muyshondt), Santa Ana (Carmen Elena de Escalón) y Santa Tecla (Roberto d'Aubuisson); el FMLN logró conservar San Miguel (Miguel Pereira) en coalición con Cambio Democrático, y Zacatecoluca; el PCN logró mantener el gobierno municipal en Ahuachapán y arrebató la comuna de Cojutepeque al partido ARENA.
GANA perdió las alcaldías de Usulután y San Francisco Gotera contra el partido ARENA.
b FMLN y PSD participan como coalición en Santa Ana.
c PCN y PDC participan como coalición en San Miguel.