Por azares del destino, el coronel, sin saberlo, ordena el fusilamiento de su propio hijo, a quien confunde con un agitador.
La nota explica que para ganar una entrada a la última función y un boleto de la Lotería Nacional, el público debe de encontrar a 12 personas identificados por una tarjeta en su saco como los compañeros del prisionero en la Avenida Madero.
Ante la crítica hacia las autoridades militares de la época, la película causó un gran revuelo pues fue considerada como "denigrante para el ejército", así que forzaron un final tranquilizador a lo que De Fuentes concibió como una tragedia esquiliana.
Es posible que también contara en esa concepción, y en la otra cinta suya del mismo año, referida a la Revolución, El compadre Mendoza.
El sorpresivo final impuesto de El prisionero trece, también tenía un precedente norteamericano (The avenging conscience 1914, D. W. Griffith.