Se encuentra limitada al norte con el Océano Pacífico, Santa Bárbara y el departamento del Cauca.

En cuanto a la orografía, los principales ríos que lo atraviesan son Río Amarales, Iscuandé, el Muchica, el Sequihonda y el Tapaje, entre otros.

El Charco tiene bajo su jurisdicción los siguientes Centros poblados: Los dos símbolos, bandera y escudo fueron obra de Fidel Satizábal Reina, oriundo del mismo municipio.

En 2010 debido a los desplazamientos que ocurrían en Nariño a causa del conflicto armado dentro de Colombia, ya que las FARC y el narcotráfico operan en esta zona,[5]​ la población de El Charco recibió 7200 refugiados, casi duplicando la población local y colapsando los recursos del lugar.

El Charco no cuenta con caminería a través de la selva; el transporte se efectúa por el río.